Κατεύθυνση Κλινική Χημεία
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2016-03-02

2016

Αναστασοπούλου Μαρίτα

Δημήτριος Παρασκευής Επίκ. Καθηγητής (Επιβλέπων), Ευρύκλεια Λιανίδου Καθηγήτρια, Χρήστος Κρούπης Επίκ. Καθηγητής

Σύγκριση των Μεθόδων Αλληλούχισης Sanger και NGS με pyrosequencing (454 GS Junior) ως προς τη Μελέτη Γενετικών Πολυμορφισμών του Ιου HIV-1

Ελληνικά

Comparison of Sanger sequencing with Ultra-Deep pyrosequencing (454 GS Junior) for the study of HIV-1 Genetic Diversity"

Ο ιός ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας (HIV) παρουσιάζει αξιοσημείωτη ποικιλομορφία
από γενετικής φύσεως, καθώς παρουσιάζεται σε κάθε οροθετικό σαν μια σύνθετη
κατανομή όχι ταυτόσημων γονιδιωμάτων, τα επονομαζόμενα ιικά στελέχη με μια ή
πολλές κοινές μεταλλάξεις (viral quasispecies), ενώ πολλαπλασιάζονται κυρίως
κάτω από φυσική επιλογή . Αυτή η ιική ποικιλομορφία εκδηλώνεται κλινικά ως μια
επιλογή μεταλλαγμένων ιικών στελεχών βασισμένη στη δυναμική του ιού σε
οροθετικούς ασθενείς που δεν έχουν λάβει ποτέ αντιρετροϊκή θεραπεία και με βάση
την εκλεκτική πίεση που επιτυγχάνεται μέσω φαρμακευτικής αγωγής, συγκεκριμένα
σε εκείνους που χορηγείται συνδυαστική αντιρετροϊκή θεραπεία (ART). Παρά την
επιμήκυνση του προσδόκιμου επιβίωσης, πολλοί εκ των οροθετικών που λαμβάνουν
ART αντιμετωπίζουν αποτυχία θεραπείας, αποδιδόμενη στην ιική ετερογένεια λόγω
ποικίλων ιικών στελεχών (variant strains). Το ιικό κλάσμα (μεταλλαγμένο
στέλεχος/φυσικού-τύπου στέλεχος) συχνά μειώνεται δραματικά απουσία θεραπείας.
Πρόσφατα δεδομένα υποδεικνύουν ότι τα χαμηλής συχνότητας στελέχη του HIV
αποκτούν ιδιαίτερη κλινική σημασία στις περιπτώσεις όπου η φαρμακευτική αγωγή
συνεπάγεται γρήγορο πολλαπλασιασμό και αποτυχία της θεραπείας. Το FDA (Food and
Drug Administration) προτείνει ταυτοποίηση των HIV μεταλλαγμένων στελεχών σε
κλινικές έρευνες των νέων φαρμάκων που στοχεύουν στην καταστολή του ιού.
Για τη βελτιστοποίηση της θεραπείας, οι κλινικοί γιατροί βασίζονται στην ιική
γονοτύπηση που λαμβάνει χώρα μέσω συμβατικών μεθόδων αλληλούχισης (λ.χ. μέθοδος
Sanger) με βάση τον πληθυσμό, οι οποίες μέθοδοι δε μπορούν, όμως, να
ανιχνεύσουν αξιόπιστα ιικά στελέχη που φέρουν ποσοστό <20% των κυκλοφορούντων
στελεχών ιού. Τα χαμηλής συχνότητας στελέχη (low-frequency variants) μπορούν να
ανιχνευθούν με ιδιαίτερα ευαίσθητες γονοτυπικές μεθόδους. Μια εξ αυτών είναι η
μέθοδος Roche 454 Sequencing, που δύναται στο να εκτιμήσει ποσοτικά και με
ακρίβεια την ετερογένεια και την ποικιλομορφία των υποτύπων του ιού HIV μεταξύ
των μεταγραφικών γονιδίων της πρωτεάσης και ανάστροφης μεταγραφάσης, ενώ
μπορούν να αποσαφηνιστούν και αλληλοσυσχετίσεις μεταξύ των εν δυνάμει
μεταλλαγμένων στελεχών. Βρίσκει εφαρμογή και στην ανάλυση συσχετίσεων μεταξύ
των ταυτοποιημένων μεταλλαγών και των αμινοξικών αλλαγών στις περιοχές της
πρωτεάσης (PR) και ανάστροφης μεταγραφάσης (RT), καθώς επίσης και στις
αλληλεπιδράσεις με τους συνυποδοχείς και άλλους παράγοντες του κυττάρου-
ξενιστή. Δεδομένων των χαμηλών ορίων ανίχνευσης από τη Roche 454 Sequencing,
ταυτοποιούνται τα χαμηλής συχνότητας ιικά στελέχη και έτσι εκτιμάται το προφίλ
των μοριακών δειγμάτων HIV ανά την περίπτωση οροθετικού.
Σκοπός της παρούσας μεταπτυχιακής διατριβής είναι η σύγκριση της συμβατικής
μεθόδου Sanger και της μεθόδου Roche 454 Sequencing ως προς την ανίχνευση των
χαμηλής συχνότητας ιικών στελεχών HIV. Αποδεικνύεται η υψηλή ευαισθησία της
μεθόδου Roche 454 Sequencing καθώς δύναται να ανιχνεύσει αξιόπιστα μεταλλαγές
που δεν ανιχνεύονται μέσω της μεθόδου Sanger, για εκτεταμένη περιοχή των
γονιδίων της RT και PR. Παράλληλα, πραγματοποιήθηκε ανάλυση που εστίασε
αποκλειστικά στην ανίχνευση συγκεκριμένων μεταλλάξεων που σχετίζονται με αντοχή
σε θεραπεία, στις περιοχές των RT και PR, στην οποία ανάλυση ανταποκρίθηκαν
εξίσου και οι δύο μέθοδοι, αποδίδοντας ποιοτικά τις ίδιες μεταλλαγές του ιού.

Ιικά στελέχη HIV, Χαμηλής συχνότητας ιικά στελέχη, Ανάπτυξη αντοχής, Μέθοδος Sanger, Μέθοδος Roche 454 sequencing

Όχι

0

Ναι

395

150

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/1319921