Υπολογιστικές μελέτες αλληλεπιδράσεων ολιγομερισμού σε συζευγμένους με g-πρωτεϊνες υποδοχείς (gpcrs)

Διπλωματική Εργασία uoadl:1320573 470 Αναγνώσεις

Μονάδα:
ΠΜΣ Βιοπληροφορική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2015-07-21
Έτος εκπόνησης:
2015
Συγγραφέας:
Μπαλτούμας Φώτιος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Βασιλική Οικονομίδου Επίκ.. Καθηγήτρια (ΕΚΠΑ) (επιβλεπουσα), Παντελής Μπάγκος Αναπλ. Καθηγητής (Παν/μιο Θεσσαλίας), Κωνσταντίνος Βοργιάς Καθηγητής (ΕΚΠΑ)
Πρωτότυπος Τίτλος:
Υπολογιστικές μελέτες αλληλεπιδράσεων ολιγομερισμού σε συζευγμένους με g-πρωτεϊνες υποδοχείς (gpcrs)
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Computational studies of oligomeric interactions in g-protein coupled receptors
Περίληψη:
Οι GPCRs αποτελούν μια από τις μεγαλύτερες υπεροικογένειες υποδοχέων στους
ευκαρυωτικούς οργανισμούς. Αν και παραδοσιακά θεωρούνταν ότι δρουν αποκλειστικά
σαν μονομερή, πλήθος στοιχείων πλέον προτείνουν ότι οι περισσότεροι GPCRs
συμμετέχουν στο σχηματισμό ολιγομερών. Ωστόσο, τα δομικά χαρακτηριστικά, η
στοιχειομετρία και η λειτουργική σημασία του ολιγομερισμού των GPCRs παραμένουν
αντικείμενο διαφωνιών. Στόχος της διπλωματικής εργασίας ήταν η μελέτη των
χαρακτηριστικών του ολιγομερισμού των GPCRs με υπολογιστικές μεθόδους. Η
δυναμική συμπεριφορά των διμερών των GPCRs και η συμβολή του μεμβρανικού
περιβάλλοντος εξερευνήθηκαν με προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής, αναλύσεις
αλληλεπιδράσεων και μελέτη δυναμικών δικτύων αλληλεπιδράσεων. Διαπιστώθηκε η
ύπαρξη συντηρημένων δομικών και δυναμικών χαρακτηριστικών ανάμεσα στα
διαφορετικά διμερή των GPCRs. Κατάλοιπα που συμμετέχουν σε αλληλεπιδράσεις
αρωματικών δακτυλίων ή σε πολικές αλληλεπιδράσεις βρέθηκαν να βρίσκονται
ανάμεσα στις πιο ισχυρές επαφές μεταξύ των υποδοχέων. Τέλος, η μελέτη των
προσομοιώσεων μέσω ανάλυσης δικτύων αποκάλυψε την ύπαρξη συσχετίσεων ανάμεσα σε
περιοχές που συμμετέχουν σε αλληλεπιδράσεις ολιγομερισμού και σε τμήματα που
σχετίζονται με τη λειτουργία των υποδοχέων, υποδεικνύοντας την ύπαρξη
μηχανισμών μέσω των οποίων ο ολιγομερισμός ρυθμίζει τη λειτουργία των GPCRs. Τα
αποτελέσματα της παρούσας διπλωματικής εργασίας μπορούν να βρουν εφαρμογή στην
περαιτέρω μελέτη του ολιγομερισμού των GPCRs και στη μελέτη των
αλληλεπιδράσεων στις διαμεμβρανικές πρωτεΐνες γενικότερα.
Λέξεις-κλειδιά:
GPCR, Μοριακή Δυναμική, Ολιγομερισμός, Αλληλεπιδράσεις, Προτυποποίηση
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
136
Αριθμός σελίδων:
XIV,208