Οπτικοποίηση και ανάλυση τρισδιάστατων πολυεπίπεδων βιολογικών δικτύων με πολλαπλές ακμές

Διπλωματική Εργασία uoadl:3255792 135 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2022-12-12
Έτος εκπόνησης:
2022
Συγγραφέας:
Κοκόλη Μαρία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Παντελής Μπάγκος, Καθηγητής, Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Γεώργιος Παυλόπουλος, Κύριος Ερευνητής Β', Ε.Κ.Ε.Β.Ε. "Αλέξανδρος Φλέμινγκ"
Βασιλική Οικονομίδου, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Διευθύντρια του ΠΜΣ "Βιοπληροφορική - Υπολογιστική Βιολογία", Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Οπτικοποίηση και ανάλυση τρισδιάστατων πολυεπίπεδων βιολογικών δικτύων με πολλαπλές ακμές
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Οπτικοποίηση και ανάλυση τρισδιάστατων πολυεπίπεδων βιολογικών δικτύων με πολλαπλές ακμές
Περίληψη:
Η αποτελεσματική ενσωμάτωση και οπτικοποίηση ετερογενών πληροφοριών σε μία απεικόνιση
αποτελεί βασική πρόκληση. Σε αυτή τη μελέτη, παρουσιάζουμε το εργαλείο Arena3D
web, την
πρώτη, πλήρως διαδραστική και χωρίς εξάρτηση από άλλα εργαλεία, διαδικτυακή εφαρμογή
που επιτρέπει την οπτικοποίηση πολυεπίπεδων δικτύων στον 3D χώρο και τις καινούριες
δυνατότητες της. Με την Arena3D
web, οι χρήστες μπορούν να ενσωματώσουν πολλαπλά δίκτυα
σε μία μόνο προβολή, μαζί με τις συνδέσεις τους, εντός και μεταξύ επιπέδων. Για σαφέστερες
και πιο ενημερωτικές οπτικοποιήσεις, οι χρήστες μπορούν να επιλέξουν ανάμεσα σε μια
πληθώρα αλγορίθμων διάταξης και ομαδοποίησης και να τις εφαρμόσουν σε ένα σύνολο
επιλεγμένων επιπέδων, είτε μεμονωμένα, είτε σε συνδυασμό. Οι χρήστες μπορούν επίσης να
ευθυγραμμίσουν τα δίκτυα και να επισημάνουν τοπολογικά χαρακτηριστικά κόμβων, ενώ κάθε
επίπεδο, καθώς και ολόκληρη η σκηνή, μπορούν να περιστραφούν και να τοποθετηθούν
οπουδήποτε στον 3D χώρο. Ο χρήστης μπορεί να επιλέξει χρώματα, τόσο για τις ακμές και τα
διαφορετικά κανάλια σε περίπτωση πολλαπλών ακμών, όσο και για τους κόμβους, ενώ
χρώματα μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για την επισήμανση σημαντικών διαδρομών και
μονοπατιών. Στην τρέχουσα έκδοση, η Arena3D
web υποστηρίζει κατευθυνόμενους ή μη
κατευθυνόμενους, βεβαρημένους ή βεβαρημένους μη γράφους, με πολλαπλές ακμές. Η
εφαρμογή είναι γραμμένη σε R, Shiny και JavaScript. Κάνουμε μια εισαγωγή στην θεωρία των
γράφων, στα διάφορα μοντέλα και αλγορίθμους, καθώς και σε ανταγωνιστικά εργαλεία και
αναλύουμε την υπάρχουσα και νέα λειτουργικότητα της Arena3D
web χρησιμοποιώντας
διαφορετικά σενάρια χρήσης.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
βιοπληροφορική, δίκτυα, γράφοι, οπτικοποίηση
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
2
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
110
Αριθμός σελίδων:
83
thesis_Kokoli_Maria.pdf (4 MB) Άνοιγμα σε νέο παράθυρο