Μονάδα:
Κατεύθυνση Εφαρμοσμένα ΜαθηματικάΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2022-10-20
Συγγραφέας:
Χουδαλάκης Σταμάτιος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Στρατής Ιωάννης, Καθηγητής, Τμήμα Μαθηματικών, ΕΚΠΑ,
Δικαίος Νικόλαος, Ερευνητής Γ, Κέντρο Ερευνών Θεωρητικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών, Ακαδημία Αθηνών
Καστής Γεώργιος, ερευνητής Α, Κέντρο Ερευνών Θεωρητικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών, Ακαδημία Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Network Graphs of Cancer Mutations
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Γραφήματα Δικτύου για Καρκινικές Μεταλλάξεις
Περίληψη:
Ο καρκίνος είναι μία βασική αιτία θανάτου, υπεύθυνη για περίπου 10 εκατομμύρια
θανάτους το 2020. Οι γενετικές μεταλλάξεις είναι μία από τις αιτίες για την εμφάνιση
και την εξέλιξη του καρκίνου, αλλά δεν συνεισφέρουν όλες σε αυτόν. Σημαντική
προσπάθεια έχει γίνει προκειμένου να βρεθούν γονίδια τα οποία, αν μεταλλαχθούν,
μπορούν να προκαλέσουν συγκεκριμένους τύπους καρκίνου. Εδώ, ένα Γράφημα
Δικτύου, κατασκευασμένο από 8386 ασθενείς και 198 γονίδια, με δεδομένα από το
TCGA, χρησιμοποιήθηκε για να βρεθούν ομάδες ασθενών-γονιδίων. Αυτό έγινε
με την παράλληλη χρήση δύο μεθοδολογιών. Η πρώτη βασίζεται σε απλές ακμές
μεταξύ των κορυφών του δικτύου, χρησιμοποιώντας τον δείκτη Barber’s modularity,
ενώ η δεύτερη βασίζεται σε δομές μεγαλύτερης τάξης, χρησιμοποιώντας τη
δυναμική ροή του δικτύου μέσω των τυχαίων περιπάτων και της στατιστικής της
ελαχίστου μήκους περιγραφής. Για κάθε μία από τις ομάδες που βρέθηκαν, ένα
υποσύνολο, ανά τύπο καρκίνου, λαμβάνονταν υπόψιν αν 10 ή περισσότεροι ασθενείς
του ίδιου τύπου καρκίνου περιέχονταν στην ομάδα. Σε αυτή τη περίπτωση,
γινόταν μία εκτίμηση της σχέσης μεταξύ αυτού του τύπου καρκίνου και των γονιδίων
που περιέχονταν στην ομάδα, με βάση την τωρινή βιβλιογραφία. Μέσω αυτής
της ανάλυσης, και οι δύο μέθοδοι ομαδοποίησης ανακάλυψαν γνωστά ογκογονίδια
για όλους, πλην από τρεις, τύπους καρκίνου.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
καρκίνος, θεωρία γραφημάτων, ογκογονίδια, γονιδιακές μεταλλάξεις
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
188
