Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Δρ. Χρήστος Κοντός Επίκουρος Καθηγητής Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, (Επιβλέπων),
Δρ. Θεόδωρο Ράμπια Ερευνητή Γ’ ,ΙΙΒΕΑΑ (Συνεπιβλέπων)
Περίληψη:
Το μελάνωμα, η πιο επιθετική μορφή καρκίνου του δέρματος, χαρακτηρίζεται από υψηλή μεταστατική ικανότητα και συχνά συνδέεται με γενετικές αλλοιώσεις που επηρεάζουν κρίσιμα κυτταρικά μονοπάτια, με πρόσφατες μελέτες να αναδεικνύουν τη σημασία της απώλειας μεταφραστικής πιστότητας στην ογκογένεση και την εξέλιξη του. Η μεταφραστική πιστότητα, δηλαδή η ακρίβεια της πρωτεϊνοσύνθεσης, όταν διαταράσσεται σε καρκινικά κύτταρα, μπορεί να οδηγήσει σε παραγωγή ελαττωματικών πρωτεϊνών που προάγουν την ανάπτυξη του όγκου, την αντίσταση σε θεραπείες και τη μετάσταση. Προηγούμενες μελέτες, ύστερα από μετά-ανάλυση δεδομένων γονιδιακής αλληλούχισης, απέδειξαν ότι η απενεργοποίηση του μονοπατιού επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων (Mismatch Repair Pathway, MMR) συσχετίζεται με την συσσώρευση επιβλαβών μεταλλάξεων σε τέσσερα γονίδια που κωδικοποιούν αμινοάκυλο-tRNA συνθετάσες, σε TCGA δείγματα ασθενών του Pan Cancer Atlas . Στη παρούσα διπλωματική εργασία πραγματοποιήθηκε μετά-ανάλυση δεδομένων, στους ασθενείς με μελάνωμα (Skin Cutaneous Melanoma, SKCM) του TCGA Pan Cancer Atlas που παρουσιάζουν συνεντοπισμό μεταλλάξεων σε 9 βασικά γονίδια (POLE, POLD1, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, PMS1, PMS2) του μονοπατιού επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων (Mismatch Repair Pathway, MMR) και στα 4 γονίδια (LARS1, EPRS1, VARS1, RARS1) που κωδικοποιούν τις αμινοάκυλο-tRNA συνθετάσες (aaRS). Η μελέτη επικεντρώθηκε σε ασθενείς με σημειακές μεταλλάξεις σε κρίσιμες περιοχές των αμινοάκυλο-tRNA συνθετασών, με στόχο την ανάλυση της επίδρασής τους στη δομική ακεραιότητα των εν λόγω μορίων. Η ανάλυση αυτών των μεταλλάξεων και η κατηγοριοποίηση τους σε επιβλαβείς (damaging) ή μη, θα αποτελέσει την βάση έτσι ώστε σε μελλοντικό χρόνο να γίνει μοντελοποίηση των κρίσιμων μεταλλάξεων σε καρκινικές κυτταρικές σειρές και να ελεγχθεί,με την χρήση γονιδίων αναφοράς, αν οι κρίσιμες μεταλλάξεις στα μόρια των αμινοάκυλο-tRNA συνθετασών μπορούν να οδηγήσουν σε απώλεια μεταφραστικής πιστότητας
Λέξεις-κλειδιά:
Μελάνωμα, Απώλεια Μεταφραστικής Πιστότητας, Αμινοάκυλο-tRNA συνθετάσες, Επιδιόρθωση Αταίριαστων Βάσεων ,LARS1,VARS1,EPRS1,RARS1
